Lo scienziato Spencer Hale, Professore di Pokémon ed uno dei migliori allievi del Professor Oak, č ossessionato dal segreto che celano gli Unown, Pokémon la cui forma ricorda le lettere dell'alfabeto. Un giorno, mentre sta investigando su alcune rovine attribuite agli Unown, Hale si trova faccia a faccia con queste creature che lo rapiscono, risucchiandolo in un'altra dimensione.
La figlia unica di Spencer, Molly, la cui madre č scomparsa precedentemente, rimane quindi sola. Mediante l'unico oggetto trovato sul luogo della sparizione di suo padre, una valigia di mattoncini, la bambina, spinta dalla depressione e dalla solitudine, invoca gli Unown che con i loro poteri psichici sono in grado di realizzare ogni suo desiderio. Prima di tutto isolano la villa, ricoprendo di cristallo la valle di Greenfield. Successivamente creano una illusione del Pokémon leggendario Entei a sostituzione del suo vero padre. Per colmare la mancanza della madre, i Pokémon rapiscono Delia Ketchum, madre di Ash, dato che la famiglia Ketchum in passato č stata amica del Professor Hale. Tramite ipnotismo gli Unown convincono Delia a credere di essere realmente la madre di Molly.
Ash č quindi costretto a recarsi a Greenfield, sia per salvare la madre che per scoprire le cause della cristallizzazione di parecchi luoghi, dovuta alla potenza distruttiva degli Unown, spinti delle emozioni e dai sentimenti di Molly. Quando il ragazzo tenta di penetrare nella villa, in compagnia di Brock e Misty, Molly ne viene a conoscenza e cerca di fermare i tre allenatori. Brock č quindi costretto a lottare contro Molly, diventata piů grande per effetto dei poteri degli Unown dopo aver chiesto ad Entei di crescere e di avere Pokémon piů potenti per poter sconfiggere il capopalestra.
Nel frattempo Ash e Misty cercano di raggiungerela stanza in cui č imprigionata Delia, che č uscita dallo stato di trance dopo aver visto, grazie ai monitor situati all'interno della villa, suo figlio introdursi nella casa. Ma i due ragazzi si trovano di nuovo a dover scontrarsi con Molly, che č riuscita a sconfiggere Brock. La bambina, notando che la capopalestra č piů giovane di Brock, muta di nuovo la sua etŕ, riducendola per renderla piů simile a quella di Misty. Lasciando la ragazza a lottare con Molly, Ash prosegue nella sua ricerca.
Una volta raggiunta Delia, Ash prova a convincere Molly del fatto che gli Unown stanno creando solo delle illusioni, non corrispondenti alla realtŕ. La bambina tuttavia non č intenzionata ad ascoltarlo e fa scendere in campo l'Entei contro i Pokémon di Ash. Sia Totodile che Cyndaquil vengono sconfitti senza problemi dal Pokémon leggendario, che riesce a mandare a tappeto anche Pikachu. Quando l'incontro sembra oramai perduto, giunge in aiuto del suo allenatore Charizard, direttamente dalla Valle dei Draghi (Charicific Valley). Dopo una feroce battaglia in cui il Pokémon Volante viene messo pesantemente in difficoltŕ dalla forza di Entei, Molly ferma il Pokémon leggendario, che sta per scagliare il suo attacco letale, e chiede agli Unown di ripristinare la situazione originaria.
A questo punto i Pokémon vanno in confusione, iniziando a sprigionare un'energia incontenibile. Entei č dunque costretto a ribellarsi, al fine di esaudire la richiesta di Molly, scagliando un potente attacco in direzione dei suoi stessi creatori per rompere il loro incantesimo. Gli Unown vengono quindi rispediti nella loro dimensione e il Pokémon leggendario svanisce.
Durante i titoli di coda Ash saluta il suo Charizard, che ritorna ad allenarsi nella Valle dei Draghi, e Molly puň tornare a riabbracciare il padre e la madre, da poco ritornata.
